의문사 진상규명위원회(이하 의문사위)가 비전향 장기수 3인에 대한 의문사 판정을 내린 이후 조중동을 비롯한 신문사의 '의문사위 흔들기'가 연일 계속되는 가운데 중앙일보가 의문사위 조사관 3인의 과거 전력을 문제 삼아 '색깔론' 시비에 나서 논란이 일고 있다. 중앙일보는 7월 15일자 <간첩?사노맹출신이 의문사위 조사관이라니>라는 제목을 붙인 1면 머릿기사를 통해 “간첩죄?반국가단체 가입죄 등으로 실형을 선고받고 복역했던 인사들이 의문사위에서 민간인 출신 조사관으로 활동한 사실이 확인됐다"며 "조사관 H씨는 '남한사회주의노동자동맹'(사노맹)에서 연락총책으로 활동하다 90년 구속돼 8년 여간 옥살이를 한 뒤 만기 출소했다"고 보도하고 나섰다. 그러나 중앙일보는 이미 지난 2002년 1월19일자 3면 <[헛도는 위원회] 이름값도 못하고 간판 뗄 판>이라는 기사에서 "2000년 10월 출범한 후 정부기관과 갈등이 지속돼온 의문사규명위는 최근에도 이내창씨 의문사와 관련해 국가정보원에 자료를 요청했으나 만족스러운 답변을 얻지 못했다"며 "규명위 조사팀에는 과거 사노맹 등 반정부 단체에서 활동했던 인사들이 기무사?국정원?경찰 등 수사기관에서 파견 나온 요원들과 함께 일하고 있다"고 보도한 사실이 한겨레신문 7월16일자 3면 <의문사위 때려 과거청산 '딴죽'>이라는 기사를 통해 밝혀졌다. 한겨레는 이 기사를 통해 "대통령 소속 의문사진상규명위원회에 대한 보수세력들의 공격이 극단적인 색깔론 양상으로 번지고 있다. 특히 이 과정에서 일부 언론이 과거 스스로 보도한 내용을 다시 끄집어내 새로 확인된 내용인 듯 과장해 보도하는 등 색깔론을 앞장서 부추기고 있다는 지적을 받고 있다"고 비판했다. 이와 같이 중앙일보는 자신들이 2년 전에 보도한 내용을 지금에 와서 재탕한 셈이다. 중앙일보는 2년 전 기사 재탕은 물론 색깔론까지 거론하면서 의문사위를 비판했다는 점에서 더욱 논란이 일고 있다. 중앙일보는 7월7일자 <나라 근본 흔드는 '의문사위' 필요한가>라는 사설을 통해서도 "의문사위는 더 이상 이 나라의 정체성을 흔들지 말라. 이런 식의 혼란을 조장한다면 이 기구의 존폐를 정식 거론할 필요가 있다"고 주장하기도 했다. 최근 들어 조중동 등 일부 언론들은 왜 의문사위의 민간 조사관 3명의 과거 국가보안법 전력을 들어 마녀사냥식의 시대착오적인 색깔 덧씌우기에 치중하는 것일까? 다가오는 의문사위의 3기 구성을 앞두고 활동 자체를 중단시키거나 무력화시키려는 의도가 숨어 있다는 것이 인권단체들의 전반적인 분석이다. 또한 중앙일보는 그동안 이데올로기 전선에서 항상 <조선일보>에 뒤져왔던 것을 최근 의문사위의 비전향장기수 민주화운동 인정 결정을 계기로 전면에 나서 보고자 하는 의도가 있는 것이 아니냐는 분석도 있다. 향후 친일진상규명법과 국가보안법 개정 등에 브레이크를 거는 효과를 노린 것 아니겠느냐는 분석도 나오고 있는 가운데 수구보수언론 집단에 대한 독자들의 현명한 판단이 요구되고 있다.